Священномученик Николай родился 30 марта 1877 года в городе Москве в семье священника. Посвятив свою жизнь пастырскому служению людям, в сердце своем отец Николай всегда носил особую любовь к иночеству. Когда его дядя (будущий старец иеросхимонах Алексий Зосимовский) ездил выбирать себе место для жизни в монашестве, в спутники брал и своего племянника – тогда ещё студента Московской духовной семинарии.
Общаясь с отцом Алексием, посещая Зосимову пустынь и храмы Троице-Сергиевой Лавры, Николай стал склоняться к тому, чтобы посвятить себя всецело Господу в монашеском звании, но затем стал сомневаться в посильности этого пути для себя и вскоре отказался от благого намерения. Обеты, в сердце данные Богу, пусть и не завершившиеся постригом, все же жили в душе и не раз, вероятно, им вспоминались – раскрытые объятия Отча, к которым устремившись тогда, он внезапно остановился. И как это тяжело оказалось потом, когда пришлось в дни исторические шторма, когда на Корабль Церковный налегала наводящая ужас стихия, заботиться не об одном лишь небесном, а и о земном.
В 1909 году Николай Владимирович женился на девице Агнии, и в этом же году был рукоположен во священника. Став священником, отец Николай сразу же определил свое отношение к пастырской деятельности, что это прежде всего служение верующему народу. Многие из его прихожан были небогаты, и им отец Николай помогал материально, он никогда не брал плату за требы, когда видел, что люди ограничены в средствах.
В августе 1939 года после многочисленных доносов о.Николая вызвали в Загорское отделение НКВД, где был проведен подробный допрос.
11 января 1940 года в шесть часов утра в дом, где жил священник с семьей, постучали сотрудники НКВД. Отец Николай в это время был на Богослужении. Пришедшие стали переворачивать вещи, в основном забирая письма. Затем, расспросив, где находится храм, направились туда. Чтобы не поднимать излишнего шума, мучители дали ему завершить литургию, затем было совершено отпевание школьной учительницы, которая учила детей отца Николая частным порядком, так как власти не допускали их в школу и им приходилось сдавать экзамены экстерном. Когда священник вышел из храма, сотрудники НКВД подошли к нему и заявили, что он арестован и ему необходимо возвратиться домой для продолжения обыска. Сначала его отправили в Москву во внутреннюю тюрьму НКВД, а затем в Таганскую. Допросы продолжались около месяца, в течение которого следователь всячески старался запутать священника. 3 июня 1940 года Особое Совещание при НКВД СССР приговорило протоиерея Николая Беневоленского к пяти годам заключения в исправительно-трудовом лагере. 12 июля 1940 года отец Николай прибыл в Карлаг на станцию Карабас в Казахстан, и 2 августа 1940 года был отправлен в Спасское отделение Карлага.
В каждом письме к родным отец Николай просил прислать ему черных сухарей, что было самым необходимым при голоде в лагере, и теплых вещей. 2 февраля 1941 года он писал жене и детям: «Я физически здоров, натрудил здесь себе ногу худыми валенками, но теперь все это прошло. Совсем иное – настроение духовное, ощущение туги и тоски и томление духа... письма не доходят быстро по случаю страшных буранов, о которых трудно и представить у вас. Ваши самые сильные метели ничто по сравнению с маленьким бураном. Недавно буран сильный продолжался десять дней, в это время прекращается всякое сообщение с железной дорогой, от которой мы оттопали сорок одну версту. Даже были большие затруднения с доставкой продовольствия. Посылку со съестным я получил и также прошу усердно прислать мне каких бы то ни было сухариков... Без вас и вашей помощи я обхожусь с трудом: страшно обносился и по своему виду не имею ни вида, ни величия... Не забудьте переслать мне черную и белую катушку, иголку, бумагу и конвертов. Это у меня последний конверт...»
Протоиерей Николай Беневоленский скончался 16 мая 1941 года в Спасском отделении Карагандинского лагеря и был погребен в безвестной могиле. В 1902 году, не зная еще, что ждет его впереди, отец Николай в своей кандидатской работе «Первые дни христианства» писал: «Теперь, когда так часто люди в погоне за житейскими, земными интересами забывают Христово учение, когда сам нередко погружаешься в эту суету, чувствуешь, как черствеет и каменеет сердце, – как-то особенно хочется перенестись мыслью за 19 веков, войти в мысли и чувства первых христиан, хоть немножко освежиться и подышать той атмосферой...» И сие исполнилось. Во времена новых гонений на Церковь Христову в ХХ веке страданиями открывалось для христиан Царство Небесное, напоминая им о христианских заповедях, о Боге, призывая только в воскресшем Христе, Сыне Божием, вновь обрести свое всецелое упование, надежду и жизнь.